FTPツールなどで

１、/themes ディレクトリの中にダウンロードまたは制作したテーマをアップロードをします。

２、管理画面の互換モジュールの全般設定にある　『デフォルト・サイトテーマ』を

アップロードしたテーマを選択すると使えるようになります。

アップロードしたテーマを新たに書き直してアップロードしなおすと

変更されてないことがありますが、

/themes ディレクトリからの自動アップデートを有効にする

または、

/templates_c ディレクトリにあるindex.html以外を削除すると表示されるようになります。